Kopfbahnhöfe haben das Hauptproblem, dass alle Züge auf der gleichen Seite ein- und ausfahren, was die Effektivität erheblich reduziert. Ein wesentlich effizienterer Ansatz sind Durchgangsbahnhöfe. Dabei können Züge üblicherweise von beiden Seiten in den Bahnhof ein- und ausfahren. Das ermöglicht die größte Flexibilität: Viele Züge werden die Fahrtrichtung nach dem Aufenthalt beibehalten, andere wechseln vielleicht die Fahrtrichtung und wieder andere Züge durchfahren den Bahnhof vielleicht auch ganz ohne Halt.
Das Foto zeigt einen typischen Durchgangsbahnhof einer größeren Stadt - die Züge fahren von beiden Richtungen in den Bahnhof hinein bzw. wieder heraus. Natürlich gibt es auch deutlich kleinere solche Bahnhöfe, z.B. an wenig befahrenen Nebenstrecken, wo es vielleicht nur einen Bahnsteig und einen Industrieanschluss gibt. Größere Varianten gibt es natürlich auch, in Nürnberg z.B. gibt es 23 Bahnsteige, damit ist er der größte derartige Bahnhof Europas.
Auch im Spiel hat diese Bahnhofsform Vorteile. Neben den bereits genannten Problemen mit sich gegenseitig behindernden Zügen ist vor allem auch die Vergrößerung des Bahnhofs bei Kopfbahnhöfen problematisch: Auf der einen Seite grenzt der Bahnhof direkt an die Stadt, da wird eine Erweiterung schwierig bis unmöglich, weil die Stadtverwaltung etwas gegen die notwendigen Abrissarbeiten haben wird. Und auf der anderen Seite muss man das gesamte Bahnhofsvorfeld komplett umbauen und verschieben, was möglicherweise auch nicht ohne weiteres möglich ist. Bei Durchgangsbahnhöfen hat man da auf beiden Seiten eher mal Spielraum, zumindest muss man hauptsächlich eigene Strecken umbauen ohne große Abrissarbeiten an Stadtgebäuden. Zusätzliche Gleise sind aber natürlich so oder so immer ein Problem.
In den meisten Fällen wird sich die Frage Kopf- oder Durchgangsbahnhof gar nicht erst stellen: Kopfbahnhöfe machen - zumindest im Passagierbereich - eigentlich nur am Rand der Karte Sinn, weil da die Strecke definitiv nicht weitergehen wird. Bei Güterbahnhöfen bzw. Industrieanschlüssen sind Kopfbahnhöfe deutlich häufiger, weil da die Züge in aller Regel zwischen genau zwei Bahnhöfen pendeln, einer zum Beladen, der andere zum Entladen.
Neben den "normalen" Durchgangsbahnhöfen kommt im Spiel außerdem ein spezieller Typ Durchfahrtsbahnhof für Güter hinzu, den man in der Realität so eher nicht findet. Dabei fahren alle Züge von einer Seite in den Bahnhof ein, fahren am anderen Ende wieder aus dem Bahnhof und machen danach eine Schleife um den Bahnhof herum, um in die Richtung zurückzufahren, aus der sie gekommen waren. Das löst das Problem mit den sich behindernden Zügen bei stark frequentierten Kopfbahnhöfen, und an Industrien hat man auch den notwendigen Platz für solche Schleifen. In der Realität hat man stattdessen große Rangierbahnhöfe, wo die Züge neu zusammengestellt werden, was im Spiel jedoch nicht simuliert wird.
Beginnen wir zunächst mit klassischen Durchgangsbahnhöfen für Passagiere und Post, wie man sie im Streckennetz der realen Eisenbahn in unzähligen Varianten antrifft.
Ein einfacher Durchgangsbahnhof an einer eingleisigen Strecke sieht ungefähr so aus. An jedem Bahnsteigende steht ein Pfadsignal, welches zum Bahnsteig zeigt. Damit reservieren sich zum Bahnhof fahrende Züge den Weg bis an den Bahnsteig, aus dem Bahnhof abfahrende Züge müssen am Signal einen Pfad in den eingleisigen Abschnitt reservieren. Somit kann sich hier auch nichts gegenseitig blockieren.
Kompliziert kann es nur werden, wenn sehr viele Züge in einer Richtung und nur wenige in der anderen Richtung unterwegs sind. Dann kann es passieren, dass beide Bahnsteige mit Zügen in gleicher Richtung belegt sind, ein Zug in Gegenrichtung kann dann keinen Pfad in den Bahnhof hinein reservieren. Das ist dann aber auch ein Anzeichen dafür, dass die eingleisige Strecke möglicherweise nicht ausreicht.
An einer zweigleisigen Strecke kann man den Bahnhof entsprechend genauso aufbauen, wobei hier je Fahrtrichtung zwei Bahnsteige vorhanden sind. Die Gleise für die beiden Richtungen sind komplett voneinander getrennt.
In diesem Beispiel ist das Gleis in der Mitte aus beiden Richtungen benutzbar, die äußeren Bahnsteige sind nur für eine Fahrtrichtung gedacht. Damit gibt es etwas mehr Flexibilität, ohne dass man gleich übermäßig viele Bahnsteige bauen muss. Problematisch wird es hier jedoch, wenn Züge in diesem Bahnhof die Fahrtrichtung wechseln sollen, dafür bieten sich andere Lösungen an (siehe Kombinationen).
Die folgenden Bahnhofsvarianten betreffen Güterbahnhöfe, bei denen alle Züge von einer Seite in den Bahnhof einfahren, und auf der anderen Seite ausfahren, um dann in einer Schleife um den Bahnhof herum in die gleiche Richtung zurück zu fahren.
Die Signalisierung eines solchen Bahnhofs ist relativ unkompliziert. Vor dem Bahnhof steht ein einzelnes einseitiges Pfadsignal, welches die Einfahrt in den Bahnhof reguliert und auch dafür sorgt, dass Züge nicht in der falschen Richtung aus dem Bahnhof fahren können. Züge müssen davor warten, wenn sie keinen Pfad zu einem Bahnsteig reservieren können. An der Ausfahrt stehen jeweils Standard-Pfadsignale, die die Ausfahrt kontrollieren.
Wenn ein Bahnhof überlastet ist, kann es sinnvoll sein, einen "Wartebereich" vor dem Bahnhof zu bauen, so dass Züge zunächst dort auf freie Einfahrt warten können. Die Signalisierung ist ganz normal mit Pfadsignalen geregelt und entspricht den vorhergehenden Beispielen.
Wenn man Züge hat, die produzierte Waren abholen sollen und Züge, die Rohmaterial anliefern, sollte man dafür sorgen, dass letztere ein eigenes Gleis im Bahnhof haben, damit nicht der gesamte Bahnhof von wartenden Zügen blockiert wird und man keine Rohmaterialien mehr anliefern kann. Hierfür benutzt man zum Beispiel Wegpunkte, die Züge mit dem Rohmaterial fahren durch den Wegpunkt "freight in", die Züge zum Abtransport der Waren durch den Wegpunkt "goods in".