Eines der interessantesten Konzepte in TTDX sind die Signale. In vielen anderen Eisenbahnspielen fehlen Signale, Züge wählen zufällig, wo sie entlangfahren, und falls zwei Züge auf dem gleichen Gleis sind, können sie durcheinander hindurchfahren, ohne beschädigt zu werden. In TTDX ist das richtige Aufstellen von Signalen fast so wichtig wie das vorherige Bauen der Strecken. Ohne Signale können keine komplexen Streckennetze gebaut werden, die der Schlüssel zu hohen Einnahmen sind.
Grundsätzlich werden Signale mit dem entsprechenden Tool aus der Menüleiste gebaut. Beim ersten Setzen der Signale werden auf das Feld zwei Signale gesetzt, eins je Richtung. Ein nochmaliges Klicken mit dem Signalbau-Tool auf dieses Signal ändert das Signal in ein einseitiges, d.h. nur in eine Richtung gültiges Signal. Weitere Klicks ändern die Richtung des Signals bzw. schalten wieder zurück zu beidseitigen Signalen. Nach dem Platzieren des eigentlichen Signals kann man nun den Typ des Signals über die grafische Oberfläche anpassen.